提取FFPE组织中的核酸时的难点

使用福尔马林固定过组织，其组织中的蛋白质与核酸（DNA与RNA）会失去生物活性。福尔马林和石蜡作为固定剂和包埋剂，将细胞保护在其中，十分影响核酸的提取，并且长时间的保存可能会使样品中的核酸发生降解。

传统的方法会使用二甲苯来溶解石蜡，这种有机溶剂高度易燃，在实验过程中需要先多次使用二甲苯来溶解石蜡，之后需要多次使用乙醇来冲洗残留的二甲苯。在使用二甲苯溶解石蜡的过程中，大量的二甲苯可能会对核酸造成损伤，进一步加剧核酸的降解；在溶解与冲洗过程中，即使再仔细也难免将宝贵的组织材料冲掉；并且冲洗过程很难将二甲苯WAN全洗净，残留的二甲苯也会影响核酸的提取效果。

此外，组织的消化程度也会影响DNA的提取效率，组织不WAN全消化极大的影响DNA的提取效率。

总的来说，从FFPE组织中提取DNA受到以下几个因素的制约：组织材料有限且长时间保存导致DNA受损，产量降低；使用福尔马林浸泡组织，导致不可逆的DNA交联，这部分DNA已无法进行扩增。

Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit（货号56404）技术原理

Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit（货号56404）可以成功克服影响FFPRE DNA提取质量的因素，从而得到高质量DNA。

QIAamp DNA FFPE Tissue Kit使用成熟的QIAamp MinElute技术，从小体积样本中纯化基因组DNA和线粒体DNA。该试剂盒同时具备硅胶膜选择性结合DNA的特性，以及20 µl到100 µl的灵活洗脱体积。

经专门优化的裂解条件，无需过夜温育即可从福尔马林固定、石蜡包埋组织中高效纯化基因组DNA。蛋白酶K消化后在较高的温度温育，部分去除游离DNA的福尔马林交联，提高DNA产量和纯度，更适用于下游应用。需要注意的是，从福尔马林固定、石蜡包埋样本中分离的DNA分子量通常低于新鲜或冷冻样本中的DNA。DNA片段化的程度取决于样本类型、储存时间以及固定的条件。

使用Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit（货号56404）提取的高质量DNA可以直接应用于多个下游反应。如单核苷酸多态性（SNP）、短串联重复序列（STR）基因分型和药物基因组学研究，也可用于PCR。

Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit（货号56404）的优点：

1. 流程简单

2.最快仅30分钟即可得到高纯DNA

3.特别适用于同时处理多个样本。

4. 从小体积样本中纯化基因组DNA和线粒体DNA