琼脂糖凝胶电泳的常见问题有哪些？

琼脂糖凝胶电泳是根据核酸（DNA或RNA）分子大小来分离和识别物质的技术。那么你知道琼脂糖凝胶电泳的常见问题有哪些吗？让我们一起来看看吧！

一、同样大小的DNA一起跑电泳条带不一样大

DNA条带不一样大，本质上是DNA在凝胶中的迁移率不一样，有的跑得快，有的慢，通常情况同样大小的DNA，迁移率是一样的，条带位置也会一样。

但迁移率也受很多因素影响，例如DNA的构象。例如环状超螺旋结构的DNA，和同等大小的线性DNA（例如单位点酶切后的质粒），前者的迁移率要高，表现出来就是看上去超螺旋结构的DNA分子量好像小一点。

二、加大电泳的电压，DNA会跑得快，但有时效果却不明显

在较低电压时，提高电压，DNA的迁移率也会提高；但如果DNA分子量太大时，增加电压后对DNA迁移率的提高其实不成比例，说白一点，就是有效果，但不明显。

例如，当DNA分子量大于2Kb后，施加在电泳槽两端的电压不应该高于5V/cm，如果电泳槽长40cm，那么电压不应该高于200V。

三、琼脂糖质量对电泳效果有多大影响

有时候，换了一个批次的琼脂糖，或者更换了新的供应商的琼脂糖后，同样的样品进行电泳，效果也会有差异。

最常见的一个原因在于，琼脂糖本身的质量也是影响电泳结果的一个因素。

琼脂糖由大量的多糖组成，这些多糖会与硫酸盐吸附，成为一种叫硫酸化多糖的东西。在电泳时，它会产生正电荷，并向阴极移动，也就是和DNA移动的方向相反。

四、电泳缓冲液对电泳效果有多大影响

电泳时，电泳缓冲液是一种经常需要更换的试剂。

最li想的状态，应该是，使用同一批次的电泳缓冲液母液进行1X电泳缓冲液的配置和对应档次电泳的凝胶配置。因为只有这样操作，才能保证整个离子缓冲环境是一致的。

另外，常见的电泳缓冲液的使用错误，还包括，直接倒入自来水替代电泳缓冲液，或者直接使用10X或50X的母液当缓冲液进行电泳。‘

前者因为缓冲体系内缺乏足够的离子，造成电导率很低，DNA迁移速度很慢，甚至wan全不动了；而后者则因为电导率太高，造成整个缓冲液产热太厉害，甚至连凝胶都融化了。

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