PCR扩增反应中的嵌合体是什么？

PCR嵌合体(Chimeric Products)：PCR扩增反应中的嵌合体是指一个PCR产物来自两个或多个模板分子，通常是由于延伸未完quan导致的‌。这种现象通常发生在PCR反应中，特别是当使用多重PCR或复杂模板时。嵌合体会导致扩增产物中含有非预期的片段，有可能会影响实验结果的准确性，甚至导致错误的解释。

在PCR反应中，DNA模板在高温下解旋成单链，然后在低温下引物与单链按碱基互补配对的原则结合。当DNA聚合酶在延伸阶段未能wanquan复制某个序列时，该部分序列在下一轮PCR反应中作为引物继续延伸，从而与其他序列混合，形成嵌合体序列‌。具体来说，DNA聚合酶在扩增某一片段时，可能会在模板链的某个位置发生“跳跃"，将一个模板DNA片段与另一个模板片段拼接，从而生成嵌合体产物。嵌合体可以通过多种机制形成，但大多数嵌合体被认为是由于扩增不完整而引起的

常见的情况有以下三种：

在PCR中，如果存在多个不同的模板DNA，它们的片段可能在扩增过程中偶然地组合在一起。具

引物二聚体是引物分子自我结合形成的二聚体。如果PCR引物设计不当，或者引物浓度过高，可能会导致引物二聚体的产生，这些二聚体可能会参与扩增过程，导致非特异性的扩增。在某些情况下，DNA聚合酶在复制错误的引物二聚体或非特异性产物时，也可能会形成嵌合体。

DNA聚合酶在延伸过程中，有时会发生“跳跃"或“滑移"，从一个模板区域转移到另一个模板区域，这种现象通常发生在复杂的、含有重复序列或相似序列的区域。例如，如果模板中存在相似的序列(常见的扩增子测序)，聚合酶可能会错误地“切换"到另一条模板链，导致不同片段的连接，从而产生嵌合体。

总结：

通常在PCR过程中，大概有1%的几率会出现嵌合体序列，而以在16S/18S/ITS 扩增子测序的分析中，系统相似度很高，当扩增相似序列时，嵌合体可达1%-20%，需要去除嵌合体序列。

嵌合体的比例与PCR循环数相关，循环数越高，嵌合体比例越高。

• 使用纯净、单一来源的模板，避免多重模板

• 优化引物设计，确保引物特异性，避免引物二聚体产生

• 降低PCR反应温度和优化扩增条件

• 减少PCR循环次数

• 使用高保真(High-Fidelity)DNA聚合酶

• 使用有限的DNA模版量

怎么判断你的PCR产物中有没有嵌合体呢？可以使用以下方法进行检测：

凝胶电泳：通过凝胶电泳查看PCR产物的大小和模式，若出现多个不一致的条带或意外的迁移模式，可能意味着嵌合体的存在。

测序：对PCR产物进行DNA测序。通过对比测序结果与预期的目标序列，可以检测到嵌合体的存在，并分析嵌合体的组成。

限制性酶切分析：如果知道嵌合体的可能位置，可以使用限制性内切酶切割PCR产物，分析切割结果是否符合预期。（如需凝胶电泳产品，NEB PaqCI限制性内切酶、测序试剂盒，请联系天津益元利康生物科技有限公司）